Prawdopodobnie w czasie programowania pojawiło się zakłócenie (np na linii zegara). Jeżeli tak było to mogły się przeprogramować "fusy". Miałem takie przypadki. Możesz spróbować dołączyć zewnętrzny generator (np. 4-8MHz, "generator 4-nogowy") na nogę X1 wATM128 (nie trzeba usuwać kwarcu (jeżeli jest)) a jeżeli nie pomoże to znaczy, że (prawdopodobnie!) przypadkowo wyłączyłeś RESET zewnętrzny i szeregowo tego układu się nie zaprogramuje. Pozostaje JTAG lub równolegle.
To co napisałem wynika z tego co robiłem wiele razy i co zwykle działało.