Każda wersja mikrokontrolera ATmega8 może pracować przy zasilaniu 3.3V, i jeśli w tym wypadku byłoby to możliwe, to polecam zastosować takie rozwiązanie. W przeciwnym razie wejście RxD telefonu można podłączyć pin układu przez rezystor i zbić napięcie przy pomocy diody Zenera, a na wyjście TxD dać tranzystor i dopiero on podłączony do pinu układu.
Wysoce prawdopodobne jest jednak, że 3.3V zostanie uznany już za wysoki stan logiczny, więc możliwe że ten pin można podłączyć bezpośrednio. Dioda Zenera może również okazać się niekonieczna, ale lepiej nie ryzykować.
Co do komunikacji, można użyć (najlepiej) sprzętowy UART lub napisać programowy. Ważne tylko by szybkości transmisji i inne parametry protokołu były zgodne w obu urządzeniach. Komendy AT wysyła się poprostu jak zwykłe ciągi znaków przez UART, z tym nie powinno być problemów.
Myślę, że jak poszukasz to znajdziesz dużo przykładów oprogramowania UART w C dla AVR, nie musisz szukać koniecznie takich, w których użyto telefon. Jeśli będziesz umiał wysłać i odebrać cokolwiek przez ten interfejs, to będziesz także umiał komunikować się z telefonem.
Pozdrawiam