Nie robiłem jeszcze animacji we flash'u więc strzelam w ciemno ale pliki z rozszerzeniem exe są plikami wykonywalnymi (programami) i dlatego zgłosił ten błąd a Flash jest językiem skryptowym (jeśli się mylę proszę mnie poprawić) który jest odczytywany przez program dodany do przeglądarki i uruchamiany przez przeglądarkę.
Nie słyszałem o programie który zamienia exe'ki na swf ale są programy które zamieniają pliki flash'a na exe lub wygaszasz ekranowy.