Na początek spróbowałbym na jakimś małym dysku sprawdzić teorie, czy jest to wina systemu plików...
Niestety FAT32 ma większe ograniczenia niż NTFS i dodatkowo dochodzą ograniczenia samego Windowsa... z tego co pamiętam max rozmiar partycji 124GB i max wielkość pliku 4GB.
Najlepiej przegrać dane na inny dysk, następnie dysk sformatować w systemie FAT32 i wrócić z danymi.
Są również programy (jak np.: PowerQuest PartitionMagic lub Paragon Partition Manager, znam niestety tylko komercyjne!! ), które potrafią zrobić coś takiego "w locie", ale jest raczej poważne niebezpieczeństwo utraty danych i osobiście bym tego chyba nie robił. Ze względu na większe ograniczenia FAT32 względem NTFS-a, w drugą stronę jest łatwiej.