Przerobienie Atmel'owskiego frameworka dla CDC to błahostka. Znajdziesz miejsce odpowiedzialne za odbieranie danych przez UART i zobaczysz, kiedy te dane i w jaki sposób będą wysyłane via USB do PC. Twoje przerobienie będzie polegało na wysyłaniu własnych danych, a nie tych odebranych przez UART.
Jeżeli chcesz zrozumieć CDC to raczej konieczne jest zapoznanie się ze specyfikacją USB, która nie jest przyjemna

I w całości po "anglicku"
