Bo to avrdude ma chyba coś skopane w swojej bazie, lub nie dogaduje się z programatorem? Spotkałem się z takim samym problemem jeśli chodzi o 328P. Chodzi o fuse extended. Bajt extended odczytuje jako 0x07 pomimo tego że jest ustawiony jako 0xFF, nieużywane bity zawsze powinny być zapisywane i odczytywane jako jedynki, a avrdude odczytuje je jako zera. Więc albo wysyłaj w tym miejscu 0x07 i będzie ok, albo zignoruj błąd podczas weryfikacji.