Na obrazku który pokazałeś zaznacz z którymi padami masz kłopot, to wtedy będzie łatwiej pomóc.
Może poprzednio niedokładnie opisałem jak to zrobić, to postaram się jeszcze raz wytłumaczyć.
Aby umiejscowić takie pady przy krawędzi płytki, wybierz narzędzie Rect i narysuj mały kwadrat (np. 2x2mm). Możesz tak narysować potrzebną ilość padów, albo po narysowaniu pierwszego następne kopiować (Copy). Aby umieścić je po drugiej stronie płytki użyj polecenia Mirror.
Tak stworzone pady rozmieść dokładnie w rastrze 2,54mm, trzy na warstwie Top a trzy pozostałe na warstwie Bottom. Pady powinny pokrywać się na warstwach Top i Bottom.
Po umieszczeniu padów teraz wystarczy doprowadzić do nich ścieżki według schematu na którym pracujesz.