Co do linuksa, to spróbuj może inną dystrybucję albo inne źródło instalacji (liveCD lub liveUSB?). Nie znam joilOS z praktyki, ale z tego co wiem robiony on był pod netbooki i kernel jest do takich zastosowań okrojony. Dlaczego akurat to distro?
Do serwera (zwłaszcza budowanego na starym sprzęcie) nieodmiennie polecam Slackware. Nie znajdziesz w nim nowości (chyba że sam je doinstalujesz), za to jest relatywnie prosty, szybki i stabilny.
Moim zdaniem głośniki to umiarkowanie dobry pomysł. Blacha i luźne części obudowy to chyba niezbyt dobre środowisko dla dźwięku
Co do wentylacji, to mogę Ci podpowiedzieć, że u mnie w starym desktopie dobrze sprawdzały się 2 dodatkowe wiatraki wyciągnięte ze starych zasilaczy (jeden zamontowany z tyłu, przykręcony do dziurek nad panelem z gniazdami a pod zasilaczem, drugi - robiący nawiew pod HDD - patrz foto). Hałas nieduży, bo chodzą ze stałą prędkością.
Co mi jeszcze przychodzi do głowy to szybkość dysków twardych. Kiedy ja kupowałem dysk, zwracałem uwagę na pojemność, natomiast gdy desktop zaczął chodzić jako serwer, podłączyłem mu 40GB, ale szybszego - i na nim jest system i wszystkie dane aplikacji (a duży, wolny dysk jest tylko magazynem muzyki i filmów). Myślę że taki dysk jesteś w stanie od kogoś wyłudzić za dwa piwa.
Nie wiem jak chcesz komp ustawić, ale u mnie dałem sobie spokój z przerabianiem obudowy, schowałem go obok szafy i tylko do osobnego panelu wyprowadziłem najważniejsze kable: włącznik, gniazda audio i hub usb, ewentualnie diody dysku i power. Koszt nieduży, a jak ukryjesz gdzieś skrzynię to komfort i estetyka się poprawia
