To co napisał
@kotekturek jest w większości bez sensu, nie ustawia się fuse wgrywając bootloder w Arduino, bo Arduino przede wszystkim ustawia fuse wypalając bootloader, tylko czasami wgrywa sam program do komunikacji, np. w attiny13 nie ma miejsca na program we flash (ani sprzętu do tego), w niektórych innych prockach można wybrać czy program ma być, ale fuse ustawiane są zawsze wg danych wybranej płytki. Także wgranie ustawienie fuse jest podstawową czynnością wypalenia bootloadera. Po drugie jak już ma czymś sprawdzać to lepiej AVR LAB++
Link, jest darmowy, darmowy MKVKalk obsługuje tylko atmega8, 128a i jednego attiny . No i pl-2303 ma uart TTL, po prostu jest trochę kiepski. Cenną informacją jest natomiast jak powinny być ustawione fuse, po wgraniu bootloadera możesz przenieść się do AVR LAB, odczytać procesor i sprawdzić czy fuse nowego procka różnią się od zaprogramowanego i w ten sposób potwierdzić, czy wgranie bootloadera w ogóle się powiodło - przynajmniej w zakresie fuse.
Jak chcesz używać ręcznego reset to raczej się go użyj po kliknięciu wgraj, zresztą to trzeba wyczuć na swoim PC. Jak klikasz strzałkę to Arduino ponownie kompiluje, dopiero po pojawieniu się komunikatu "upload" wciskasz reset. Program ma wtedy jakieś 2s by nawiązać połączenie. Program próbuje 10 razy więc jak nie wyjdzie za pierwszym to po 5-10s możesz próbować znowu wcisnąć reset. Najlepiej jest to zrobić automatycznie mając przejściówkę FTDI z wyprowadzonym DTR, ale tak jak napisał @Khoam w szeregu ma być kondensator 100n. Kondensatory przy kwarcu są opcjonalne, styki płytki stykowej mają już pojemność i nie spotkałem się by nie działało bez nich. Jak już to można dać mniejsze. Jak do jest docelowy projekt to też nie zawsze 22p jest najlepszym rozwiązaniem - zależy jakie masz długie ścieżki.
Pamiętaj też, że jak wgrywasz bootloader mając ustawiony UNO to potem programujesz używając UNO jako programowaną płytkę. W nowszych IDE Arduino to już nie ma takiego znaczenia, bo mają taki sam bootloader, wcześniej miały różne prędkości i wybranie złej płytki kończyło się takimi komunikatami.
Jeszcze jedno, jak wgrasz jakiś szkic używając programatora to potem ponownie wgraj bootloader.