Prawdopodobnie tak. Można by próbować zmieniać nazwy warstw bezpośrednio w pliku z projektem płytki. Nie sprawdzałem tego i nie wiem czy jest taka możliwość. W dawnych wersjach KiCada były polskie nazwy warstw, ale w nazwie "Górna" występowało "ó" i używanie znaków narodowych w nazwach warstw powodowało jakieś problemy i dlatego zrezygnowano z możliwości zmiany nazw warstw.
Okno ustawień projektowych płytki w KiCad 5.99. Tutaj jest możliwość definownia własnych nazw wszystkich warstw. Tylko chyba trzeba to robić za każdym razem od nowa dla każdego nowego projektu. Może da się zdefinować jakieś własne ustawienia. Na chwilę obecną jest możliwóść importu ustawień z innej płytki - projektu.
