Cześć
Rozumiem, że schemat został narysowany niekompletnie.
Mam rozumieć, że chcesz zastosować rozładowywanie pośrednie innym źródłem zasilania.
Wtedy niestety musisz uwzględnić w układzie rezystancję wewnętrzną tego źródła, rezystancję wewnętrzną akumulatora.
O ile rezystancja wewnętrzna akumulatora jest właściwe liniowa

to trudno jest prognozować, jak wygląda zależna prądowo zazwyczaj nieliniowa rezystancja wewnętrzna zastosowanego systemu zasilania - stabiliator liniowy(tranzystor) lub impulsowy.
Po za tym dokonywany pomiar zostanie obciążony znacznym błędem pomiarowym ze względu na stabilność punktu VCC + 5V wzgledem którego chcesz mierzyć napięcie drugiej elektrody, oczywiście będzie ono zależeć od pobieranego przez układ prądu. Czyli tak naprawdę będziesz próbował zmierzyć napięcie elektrody dodatniej - +5V. Zwróć uwagę że nawet minimalne zmiany napiecia są bardzo istotne z pkt. charakterystyki ładowania ogniwa szczególnie blisko poziomu całkowitego rozładowania i ładowania.
Oczywiście jak się uprzesz możesz ten efekt zminimalizować mierząc na przemian napięcie na jednej i napięcie na drugiej elektrodzie akumulatora i dokonywać matematycznie obliczeń różnicy napięć w programie, a dopiero na tej podstawie dokonywać decyzji o załączeniu lub wyłaczeniu MOSFETA.
Jak wiesz przetwornik w Atrmdze ma 6 wejść więc dlaczego nie

Troszkę wzroście błąd pomiarowy, no ale nie na tyle znacząco żeby metodę wyeliminować
Zdecydowanie bezpieczniejszym układem pomiarowym byłoby przypięcie akumulatora do układu za pomocą przekaźnika dwusekcyjnego w układzie krzyżowym np. R15. Wtedy mógłbyś zautomatyzować proces ładowania i rozładowania, dokonując cyfrowo zamiany polaryzacji akumulatora.
Tzn.zarówno "plus" jaki "minus" podłączyłbym do sekcji COM przekaźników, natomiast źródło prądowe podłączyłbym na krzyż tzn. w jednym położeniu styków NC akumulator byłby podłączony w układzie ładowania, zaś w drugim NO w układzie rozładowania.
Tak czy inaczej pomiaru dokonywałbym w stosunku do znanej masy i do tej samej proponowałbym podłączyć masę przetwornika AC. Pomiar warto wykonać w w odniesieniu do obu elektrod akumulatora wskazane jest zbuforowanie mierzonej wielkości tak, aby wartość impedancji miernika była bliska 10 -100 MOmów etc i nie wpływała w żaden sposób na akumulator.
Źródło prądowe regulowane R umieściłbym na poziomie +Vcc2 dla zapasu 12V lub więcej w zależności od ilości przewidywanych ogniw.
Raczej unikałbym stosowania wspólnego zasilania układu rozładowania , ładowania z zasilaniem procesora i przetwornika, chyba, że pośrednio przez stabilizator.
Zastosowanie przekaźnika zamiast MOSFETA, czy NPN jest wskazane ze względu na naprawdę niską rezystancję własną styku.
Oczywiście jest to archaizm, ale nadal na dowolnym elemencie przełączającym półprzewodnikowym powstaje spadek napięcia i ta rezystancja może wpływać na sposób ładowania/rozładowania mierzonego akumulatora, bez uwzględnienia w obszarze pomiaru, a co za tym idzie wynik pomiaru pojemności bedzie znacząco przekłamany.
No chyba że przy okazji wykorzystać spadek na elemencie przełączajacym do dokładnego pomiaru prądu

, zakładając liniowość rezystancji wewnętrznej przełącznik, mierząc napiecie przed i za elementem i obliczając różnicę napięć, co przy danej warości źródła prądowego da nam rezystancję własą przełącznika itd. itd.
Przetwornik wielowejściowy AC daje wiele fajnych możliwości

reszta to jakiś mniej lub bardziej złożony algortym