Schematy wydają się być poprawne. Dwie uwagi:
1. To taka, że LED-ów nie powinno się bezpośrednio podłączać do źródła napięcia, zawsze wskazany jest opornik, nawet przy połączeniu szeregowym.
2. Uwaga dotyczy układu z akumulatorem (ten z wymianą cewek): w mojej jawce (ten sam silnik) mierzyłem napięcie na oryginalnych cewkach (2x3V) po wyprostowaniu i filtrowaniu i na wolnych obrotach miałem napięcie 6V bez obciążenia, a przy "pełnym gazie" napięcie wzrastało do 18V. Gdy wymieniłeś cewki na 2x6V to domyślam się, że na wolnych obrotach bez obciążenia masz 12V (co zamiast ładować akumulator może go rozładowywać), a przy "pełnym gazie" będzie nawet 30V, co może spowodować zagotowanie akumulatora.
Dlatego mam taką propozycję: całą instalację podłącz bezpośrednio do akumulatora, a napięcie z cewek po wyprostowaniu niech służy tylko do doładowywania akumulatora. Za układem prostującym podłącz jakiś mały regulator napięcia (np. z malucha), a przed regulatorem dużą diodę prostowniczą (najlepiej taką z wyprowadzeniem na radiator). Czyli jeśli napięcie na cewkach będzie mniejsze niż na akumulatorze to dioda nie pozwoli rozładowywać się akumulatorowi przez układ cewek, a jeśli napięcie będzie większe niż 14,7V to regulator obniży je właśnie do tego poziomu.
Mam nadzieję że zrozumiałeś o co mi chodzi.
cewki->prostownik->dioda->regulator->akumulator->instalacja odbiorcza
Moim zdaniem tam jest za małe natężenie na ładowaniu aby coś popsuć. Takie tematy już poruszałem na forum 
