Witam, miałem chyba podobny problem ze skanami z mojego skanera - spadł mi ze schodów (!) i rozbiła się szyba. Zmieniłem ją, o dziwo nie poszło nic innego, ale skany były zabarwione przy brzegach.
Pomogło ustawienie płytki przetwornika - na dwóch śrubach mocujących jest pewien luz, trzeba tę płytkę po prostu dobrze wycentrować w stusunku do optyki i problem znika!
Mam nadzieję, że to Ci pomoże.
PS Mój skaner to Microtek 4800 - niestety pod Linuxem nie działa