Również miałem problem w odczycie, taki sam objaw jak u Ciebie.
Problem polegał na spalonym tranzystorze npn (sot23) (oznaczenie 5wc) który odpowiadał za napięcie VCC.
Po wstępnych pomiarach na podstawce SPI miałem non stop około 4,8V na zasilaniu oraz na innych pinach od 1 do 2V.
Wymieniłem na tranzystor jaki akurat miałem pod ręką i od razu odczytał elegancko. Napięcia wróciły do normy tj przed odczytem 0V dopiero podczas odczytu wzrastały.
Programator z gotronika na smd, zasilany z USB 2006r.