Zgadzam sie z poprzednikiem - zwykły wyjadacz nie widzi razacej różnicy w wydajności pomiędzy tymi dwoma systemami plików.
Kiedys zalecał bym fat32 ze względu na to ze inne systemy operacyjne miały problem z ntfs. Teraz powoli juz wszystkie linuxy go widzą, BeOS tez. Dos jako ze sie nie rozwija

z ntfs sobie nie radzi.
Ntfs - zabezpieczony,posiada bajery typu przydziały i kompresje stabilny
wady: jak cos w systemie sie zsypie to trudno cos z pod dosa czarowac a nie sądze ze wszyscy znają sie na linuxie.
Ja mam na obu partycjach ntfs ze wzgledu na charakter pracy mojej maszyny!
FAT32 - znacznie lepszy niz fat16, stabilny jak ntfs, słabo zabezpieczony łatwo o utrate danych na nim zgromadzonych

,mniej bajerów z nim zwiazanych za to łatwo sie go "naprawia" zawsze mozna zrobic w dosie format c:
Ja preferuje ext2 lub JFS ale to juz nie M$ window$