Sam sobie odpowiedziales na pytanie w poscie #3 (mozliwe, ze tej odpowiedzi nie widzisz

wiec pozwole sobe nieco wyjasnic).
Film mozesz ucinac na dowolnych klatkach (B, P) lub na kluczowych (I, lub IDR (dla h264)).
Wycinanie na dowolnych klatkach MUSI zakonczyc sie ponownym "przemieleniem" przez kodeka (niektore programy, jak vDub maja opcje SMART RENDERING ograniczajaca ingerencje kodeka do obszarow wycinanych - napisalbym ze przerobia tylko te GOP-y (group og pictures) gdzie byly ciecia - czyli pierwszy I ostatni - niestety GOPy nie dotycza AVIkow ale mimo wszystko porownanie nie jest bledne). Wracajac do ciec: jesli chcesz to zrobic na dowolnych klatkach ustaw opcje smart rendering I w menu video->compression wybierz jakiegos kodeka, [EDEYTOWANE:] i odhacz opcje DIRECT STREAM COPY
Wycinanie na I-frame (klatkach kluczowych) nie wymusza ponownego uzycia kodeka, czyli nie stracisz na jakosci - niestety ograniczeniem sa klatki kluczowe ktore moga byc gesto upchane lub nie. UstawiajacDIRECT STREAM COPY (to co napisales) wymusza wycinanie na klatkach kluczowych - wiec mimo ze sam sobie pozaznaczasz START I STOP to mimo to vDub uzyje najblizszych I-frames do uciecia (to wlasnie napisales w #3).
Pliki masz duze bo jak kolega Jamie zauwazyl nie ustawiles kompresji jaka ma byc uzyta bez opcji DIRECT STREAM COPY (video_>compression... juz pisalem)