rpal napisał: wydaje mi się to wręcz nieprawdopodobne aby zmiana ustawień zegara coś takiego zrobiła
Też patrzę i nie widzę jakieś bezpośredniej przyczyny. Ale to może być kwestia czego innego, ruszonego w programie.
Szczególnie jeśli się używa CUBEmx, to czasem się czegoś nie zaptaszkuje albo coś.
Ale generalnie taki właśnie problem że kostka wydaje się być martwa, polega na tym że Twój program w jakiś sposób, szczegóły nieistotne tutaj, przykładowo zmienia funkcje pinów SWDIO lub SWCLK na funkcje zwykłych portów. I wtedy, jeśli kabelek do programowania jest uproszczony (tylko dwa sygnały SWD) to już programator nie zagada z uC bo funkcja SWD jest wyłączona.
Dlatego jest taki tryb jak start komunikacji na resecie, czyli w momencie kiedy wgrany program nie wprowadził żadnych zmian.
Jeśli tryb "Connect Under Reset" jest wybrany w ST-LINK Utility (menu: Target/Settings.../Mode) oraz z programatora jest pociągnięty sygnał NRST, to problem nie występuje, bo programator wchodzi w komunikację bez startu wgranego programu. Jeśli Twój moduł jest połączony tylko dwoma sygnałami to programator nie jest w stanie go wprowadzić w reset.
Sprawdź może jeszcze czy masz wybrany tryb "Connect Under Reset". Jeśli nie, to go ustaw i ponów próbę z tym ręcznym resetem. U mnie ta prowizoryczna metoda działała z jakimiś STM32. Niestety nie mam teraz czasu sprawdzenia na dokładnie tym typie uC, który masz, ale jakoś nie jestem przekonany by się nie udało akurat na tym typie.
Jeśli to nie da rady, to można się zastanowić nad połączeniem sygnału NRST między programatorem a modułem (bo podejrzewam że go nie masz), by całkowicie mieć zgodność z tym trybem.
rpal napisał: Ale tak myślę teraz że mógł się zwyczajnie sknocić bo na tym pinie czyli PC13 jest oryginalnie wyprowadzona dioda LED która w tym module jest fabrycznie podłączona przez opornik na VCC możliwe że się sknocił właśnie z tego powodu. Trzeba było najpierw wylutować ją układu a potem wyprowadzać zegar na zewnątrz takie mam luźne przemyślenia
Nie sądzę, bo tak czy inaczej jest to normalny pin wyjścia, zdolny dostarczyć wystarczający prąd założony dla tej LED.
Choć w CUBEMx jak się kombinuje z z wyjściem RTC na PC13 to wyświetla na czerwono jakiś konflikt. Ale to nie powinno mieć nic wspólnego w komunikacją SWD tym bardziej jeśli wejdzie się na resecie.