Najpierw kompilujesz pliki każdy do oddzielnego pliku .o a potem linkujesz je razem do jednego programu. Wszystko się konfiguruje parametrami gcc co jest w helpie do linii poleceń gcc opisane.
Jeżeli korzystasz z WinAvr i AvrStudio to nic nie zmieniasz w makefile tylko w okienku AVRGCC w AvrStudio (to po lewej, jest to jedna z zakładek lewego panelu) dodajesz w "source files" kolejne pliki *.c Potem Build All i już gotowe.