Czy to znaczy, że masz PHP na Windows? To może zobacz opis ftp_connect().
Prawa dostępu do plików na Linux-ie masz takie, jakie są ustawione - możesz
je pozmieniać, jak jesteś ich właścicielem, albo root-em.
Jeśli do sieci ma dostęp ktokolwiek poza Tobą (nawet przez ograniczony czas,
kiedy łączysz się z Internetem), to niebezpiecznie jest pozwalać anonimowemu
użytkownikowi na modyfikowanie plików konfiguracyjnych - ktoś może się włamać.
Aha, i zwykle serwer ftp wykonuje chroot(), żeby ograniczyć dostęp - trzeba
mu ustawić (gdzieś się ustawia, na jaki katalog ma zrobić chroot), żeby tego
nie robił, albo żeby robił chroot() na /.
Może prościej będzie napisać na Linux-a coś w PHP, co da Ci dostęp do plików
konfiguracyjnych? Wymaga to serwera WWW na Linux-ie, ale można by wtedy
dostawać się do tych plików i editować je np. z Internet Explorera. I można na
tę edycję dać jakieś hasło, żeby ktoś obci Ci się nie włamał.
No, można jeszcze napisać samemu prosty serwer WWW na Linux-a, który
pozwoli Ci na odczyt lub modyfikację plików - ale to już trochę roboty.