Podajesz za mało danych, ale miałem identyczny problem i poradziłem sobie w ten sposób, że przełączyłem cały programator do portu USB 2.0. Domniemuję, choć nie napisałeś, że programator podłączyłeś do portu USB 3.0 ?
programator użytkuję z mini PC, który ma tylko USB 3.0 i były problemy dokładnie takie tak opisałeś, więc pod jedno z wyjąć USB 3.0 podłączyłem zewnętrzy HUB USB 2.0 i problem wtedy zniknął, gdy programator podłączyłem do tego huba.