Nie ma tak, że któryś jest poprawny. Ten jest dobry, który modeluje to, co chcesz, i z dokładnością, jakiej żądasz.
Napisz dokładnie, do czego to ma być, i co chcesz zamodelować. Może lepiej opisać obiekt w przestrzeni stanów (bo i tak Simulink sprowadzi wszystko do macierzy A, B, C i D).