Jeśli chcesz modulować jakąkolwiek częstotliwość stoma hercami to naprawdę zapomnij o szybkości transmisji. Cyfrowy pomiar sygnału złożonego nie jest tak prosty w warunkach amatorskich, nawet sygnał zmodulowany amplitudowo jedną częstotliwością. Szkoda się głowić jakby to zrobić, prościej zastosować zwykłą transmisję asynchroniczną (z dynamicznym kodowaniem niema żadnego problemu - rejestr liniowy ze zmiennym wielomianem lub stałym), PSK jest lepszym rozwiązaniem ale dwa razy wolniejszym, FSK podobnie
Jeszcze nie określiłeś sposobu modulacji 100Hz i 1000Hz; jeśli np. bramkujesz te częstotliwości w bramce (AND/OR) to niema żadnego problemu żeby obydwie częstotliwości zmierzyć, a jeśli modulujesz je analogowo to już jest problem