Ponieważ więcej projektuje nie dla siebie, a dla firmy to stosuję system przyjęty w firmie, gdzie kolejne wersje projektu zapisujemy pod jednakowym numerem określającym PCB (Potem łatwo zamawiać płytki podając tylko ich numer a nie pełną nazwę) ale dodajemy kolejne litery: B, C, D, itd. w kolejnych następujących po sobie instancjach projektu. Najbardziej przerabiany projekt doszedł do litery H, zatem do Z jeszcze daleko.
Moje prywatne projekty też kopiuję w całości do innego folderu i zwykle dodaje sufiksy w nazwie folderu typu: "v2", "ver-2", lecz one zwykle nie mają aż tyle wersji albo nie ma potrzeby by powracać do poprzednich instancji.
Oprócz zwykłego kopiowania możesz wykorzystać:
1. W Menadżerze projektu jest opcja archiwizacji całego projektu. Ponieważ program pyta wtedy o nazwę archiwum można to wykorzystać do tworzenia kolejnych archiwów obarczonych datą i godziną.
2. Można założyć sobie lokalne lub zdalne (ale z reguły płatne jeśli prywatne) repozytorium z kontrolą wersji i tam tworzyć kolejne tagi, gałęzie poboczne. Trzeba jednak pamiętać by po każdej istotnej zmianie dołączać je do repozytorium już poza ekosystemem programu KiCad. Myślę, że mógłbyś spróbować z TortoiseHg (https://tortoisehg.bitbucket.io/about.html).
Aż dziw bierze, że projekt opierający się w głównej mierze na kontroli wersji (źródeł, bibliotek, dokumentacji) nie ma wbudowanych mechanizmów do kontroli wersji projektów w nim wykonywanych...