Mega2560 - jak wyłączyć watchdoga bez wpływu na częstotliwość blinka?

Domyślnie WGD jest wyłączony. Czy przypadkiem właśnie go nie włączasz? Wtedy , jeśli w kodzie jest nieobsługiwany, po resecie program działa najkrótszy możliwy czas (sprawdź w nocie jaki). Może to wyglądać, ze dioda szybko miga a tak naprawdę WDG resetuje uC. W debugerze widziałbyś czy nie jest wykonywany reset. W Arduino musisz ratować się półśrodkami, np ustawianie jakiegoś GPIO po resecie, jeśli będzie zmieniał stan zamiast być w stabilnym poziomie to znaczy, ze WDG działa.

Nie sądzę aby w Arduino domyślnie WDG był włączony i to przez FUSE. Włączanie WDG przez FUSE ma pewne zalety:
- zawsze działa
oraz wady:
- nie działają przerwania od WDG (nie wiem jak w najnowszych uC)
- nie można wyłączyć WDG (np na czas uśpienia uc)

rs6000 napisał:

Co ciekawe, gdy zrobię transmisję bez modbusa, wszystko jest ok

No to już wiesz gdzie masz błąd. Szukaj innej biblioteki, napisz swoją lub popraw istniejącą (napisałem od najłatwiejszego do najtrudniejszego oczywiście IMHO).
Możesz też wspomagać się pseudo debugowaniem po USART ale to nie jest wygodna metoda o czym już pewnie się przekonałeś.